Arrêt maladie : droits, indemnités et obligations du salarié

Vous disposez de 48 heures pour transmettre votre arrêt de travail : les volets 1 et 2 à votre caisse d'assurance maladie, le volet 3 à votre employeur. Passé ce délai, la caisse peut réduire vos indemnités journalières, et l'employeur peut vous reprocher une absence injustifiée.

Pendant l'arrêt, vous devez respecter les heures de présence à domicile fixées par la réglementation, sauf si votre médecin a coché « sorties libres ». Vous ne pouvez pas exercer d'activité non autorisée, ni quitter votre département sans accord préalable de la caisse. Toute prolongation exige un nouvel avis d'arrêt, à transmettre également sous 48 heures.

Deux sources d'indemnisation peuvent se cumuler.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4ᵉ jour d'arrêt : les trois premiers jours sont un délai de carence non indemnisé. Leur montant correspond à une fraction de votre salaire journalier de base, dans la limite d'un plafond.

À cela s'ajoute souvent un maintien de salaire par l'employeur. Le Code du travail l'impose sous condition d'ancienneté (au moins un an dans l'entreprise), en complément des indemnités journalières et selon un barème progressif. De nombreuses conventions collectives sont plus favorables — c'est le premier document à consulter. Lorsque l'employeur pratique la subrogation, il perçoit les indemnités à votre place et vous verse directement l'ensemble.

Deux acteurs peuvent vérifier le bien-fondé de votre arrêt. La caisse d'assurance maladie contrôle au titre des indemnités journalières : un agent peut se présenter à votre domicile pendant les heures de présence obligatoire. Un contrôle vous trouvant absent hors des créneaux autorisés peut entraîner la suspension des indemnités.

L'employeur qui maintient votre salaire peut, de son côté, mandater un médecin contrôleur. Si ce dernier estime l'arrêt injustifié, l'employeur peut cesser le complément de salaire — mais il ne peut ni vous sanctionner, ni vous licencier sur cette seule base. En cas de désaccord entre le médecin contrôleur et votre médecin, le service médical de la caisse tranche.

L'état de santé est un motif de discrimination prohibé (article L1132-1 du Code du travail) : un licenciement fondé, même en partie, sur votre maladie est nul. L'employeur ne peut vous licencier pendant l'arrêt que pour un motif totalement étranger à votre état de santé — faute, motif économique — et à condition de justifier, en cas d'absences prolongées ou répétées, d'une désorganisation de l'entreprise imposant un remplacement définitif.

Autre avancée : depuis la loi du 22 avril 2024, alignée sur le droit de l'Union européenne, les périodes d'arrêt pour maladie non professionnelle ouvrent droit à des congés payés, à raison de deux jours ouvrables par mois d'absence, dans une limite annuelle. Vos congés continuent donc de se constituer, même à l'arrêt.

La reprise se prépare. Si votre état ne permet pas un retour à temps plein, le médecin peut prescrire une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique (le « mi-temps thérapeutique »), soumise à l'accord du service médical de la caisse et de l'employeur : vous êtes rémunéré au prorata, complété par des indemnités journalières.

Après un arrêt d'au moins 60 jours, une visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire et conditionne votre retour effectif au poste. C'est à ce moment que peut être constatée une éventuelle inaptitude, qui oblige alors l'employeur à rechercher un reclassement avant d'envisager tout licenciement. Ne reprenez jamais le travail sans que cette visite ait eu lieu lorsqu'elle est requise.